El patrón de las manchas del jaguar se diferencia del leopardo teniendo rosetas más grandes, líneas quebradas alrededor de pequeños puntos negros. Tiene una cabeza grande y una estructura corpulenta, con miembros relativamente más cortos que otros de su género (Gonyea 1976).
El Melanismo (exceso de pigmentación negra) genera las panteras negras, y tiene una frecuencia del 6% en el jaguar, y se hereda del dominante genético de color amarillento, a través de un gen recesivo (Deutsch 1975, Dittrich 1979) de excepción. De ahí que es difícil observar Jaguares Negros. Los especimenes albinos se son raros (Seymour 1989).
Los jaguares del bosque son con frecuencia más oscuros y también considerablemente más pequeños de tamaño que los animales que habitan más zonas abiertas o en la selva.
En la selva tropical de Belice, 13 varones hicieron un promedio de 57 kilogramos y siete hembras 42 kilogramos (Rabinowitz y Nottingham 1986, Aranda 1990), mientras que en Pantanal del brasileño los varones hicieron un promedio de 100 kilogramos (n=24) y de hembras 76 kilogramos (n=16) (de Almeida 1984). La diferencia del tamaño puede ser debido a la mayor abundancia de especie de presa grande en más los ambientes abiertos.
Más de 85 especies se han registrado en la dieta del jaguar (Seymour 1989). Las presas grandes, tal como jabalíes, los tapires y los venados, son sus preferidas, pero un jaguar comerá casi cualquier cosa que puede atrapar, y en la selva tropical tomará la especie de presa de mamíferos en proporción con su disponibilidad (Rabinowitz y Nottingham 1986, Emmons 1987).
Los grandes herbívoros se distribuyen ampliamente en la selva tropical, mas que en habitats más abiertos, donde forman grupos y se congregan cerca del agua, y la dieta del jaguar en la selva tropical y en arbolados de la sabana refleja esta diferencia en la disponibilidad y la vulnerabilidad (Emmons 1991) de la presa.
En muchas áreas, el ganado vacuno o caprino, invade lo que es esencialmente hábitat primario del jaguar, y al escasear los herbívoros salvajes, el ganado se convierte en una presa más frecuente (A. Almeida en Hoogesteijn y otros 1993) y Venezuela (Hoogesteijn y Mondolfi 1992). Lo cual se traduce en muchos Jaguares cazados por los ganaderos.
Los jaguares son los únicos gatos grandes que matan regularmente la presa (especialmente jabalíes) perforando el cráneo con sus colmillos (Schaller y Vasconcelos 1978, Mondolfi y Hoogesteijn 1986, Crawshaw y Quigley en la preparación.). Emmons (1987) sugiere que los colmillos masivos del jaguar sean una adaptación para abrir persas acorazadas, tal como tortugas de tierra y tortugas de río. Esto sugiere que, siguiendo las últimas extinciones de herbívoros gigantes en el Pleistoceno, el jaguar y el puma fueron los únicos sobrevivientes de cinco géneros de felinos que habitaban América, y se especula que el jaguar evolucionó para aprovechar de una base superabundante de reptiles del agua. Aunque el jaguar se haya caracterizado como cazador nocturno (e.g. Nowak y Paradiso 1983), la radio telemetría ha demostrado que son activos durante el día, con actividad creciente alrededor del amanecer y del atardecer. Los jaguares se han encontrado activos el 50-60% de cada período de 24 horas (Schaller y Crawshaw el año 80, Rabinowitz y Nottingham 1986, Crawshaw y Quigley 1991).
Crawshaw y Quigley (1991) encontraron que el recorrido diario era perceptiblemente más grande para un macho que para las hembras. Ambos sexos tendieron a viajar más lejos durante la estación seca.
